Am deutlichsten falle der Rückgang der Innovationsaktivitäten in Bayern und Brandenburg aus. Die Ursache dafür würden hohe Innovationskosten, aber vor allem die im Zuge der Wirtschaftskrise wachsenden Risiken bilden. In Bremen und Sachsen-Anhalt spielten diese Faktoren allerdings eine untergeordnete Rolle. Für die Befragten der Länder mit der jeweils höchsten Innovatorenquote in West- beziehungsweise Ostdeutschland bestünde das größte Innovationshemmnis im Mangel an geeignetem Fachpersonal. Zudem sähen viele Unternehmen in bürokratischen Faktoren eine Bremse für innovative Aktivitäten. Beispielsweise zählten lange Verwaltungs- und Genehmigungsverfahren sowie komplexe Antragsverfahren in nahezu allen Bundesländern zu den bedeutendsten Innovationshemmnissen.
„Gerade in Krisenzeiten sind Innovationen jedoch von besonderer Wichtigkeit, da die Beschäftigungs- und Umsatzentwicklung in diesen Unternehmen üblicherweise deutlich positiver ausfällt“, sagt Thorsten Hellmann von der Bertelsmann Stiftung. Die Befragung habe auch gezeigt, dass 57 Prozent der innovativen Firmen zwischen 2005 und 2007 die Anzahl ihrer Beschäftigten steigern konnten, wobei der Wert bei den Übrigen lediglich bei 31 Prozent läge. Zufrieden hätten sich die Betriebe mit der Forschungsinfrastruktur gezeigt.